在邪神加坦傑厄和迪迦奧特曼的決戰結束後，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位於南太平洋的遠古遺跡露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達拉姆（松田優 飾）及女領袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古跡的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古（長野博 飾）與柳瀨·蕾娜（吉本多香美 飾）相知相守，即將步入婚禮的殿堂。可是邪神指揮其爪牙向人類世界發起進攻，早已喪失奧特曼力量的大古，面對當前的危機束手無策。

三千萬年前毀滅人類文明的遙遠記憶，折磨著重新大古與迪迦奧特曼的神經……