承接前壹輯的《妙手仁心》，兩年後，風流不羈的黎國柱（林保怡飾）與冷靜聰明的江新月（陳慧珊飾），為延續兩人的愛情，保持著親蜜愛人卻不願同居的兩性關系。江新月的弟弟江滿月（蘇永康飾）因艾滋病發已逝世，離去前數月，滿月於街上拾回小狗仔仔，成為輪流寄養於各人家中的小狗。張創業（張家輝飾）與周淑茵（湯盈盈飾）已婚且於英國定居，而樂觀多言的張家裕（馬浚偉飾）與淩少霞（陳芝菁飾）則於非洲窮鄉中從事醫療工作。當周遭各人各有離合時，程至美（吳啟華飾）仍堅守著他的崗位及人生態度，拯救病人於死亡邊緣，每天盼望著昏迷兩載的女友唐姿禮（蔡少芬飾）醒過來。

壹切在院長羅孝齊（張同祖飾）領導下，平淡如水，直至三位年青醫生的加入，為原有這班人加添了歡笑及動力，從而對自我及生命有進壹步的了解。何心研（蒙嘉慧飾）是富家女，跟同樣出身豪門的風流醫生林敏智（陳豪飾）本是戀人，但程至美的出現使她認識到什麽才是細水長流的愛情。

 

黎國柱和助手阮朗平（陳潔儀飾）日夕相對，二人最終經不起誘惑，背著江新月發展另壹段感情。後來阮朗平對江新月感萬分歉疚，寧願獨自離開香港。不久，遠方傳來阮朗平懷孕的消息，黎國柱知道後即推測自己就是孩子的父親，情急下向江新月自揭偷情真相。

杏林先鋒再創生命奇跡，卻無法撫平感情上的創傷。程至美和黎國柱這兩位大國手，在醫學上屢創奇跡，面對感情時卻感到無能為力