每逢案件搜查都狀況百出的警視廳搜查壹課刑警南波陽人（田中直樹）在某壹天，被搜查壹課長五十嵐修（武田鐵矢）給叫了過去。原來此前，南波的母校帝都大學法學系教授曾受托負責《犯罪搜查百年史》的編修。然而上頭卻勒令中止制作，需要南波代為前往道歉。南波邊嚷嚷著“我不是為了做這種事才當的刑警”邊心不甘情不願地提著伴手禮前往帝都大學。沒想到卻在那碰到了意料之外的案件。下任校長候補人選的醫學系教授高寺保的屍體在講臺上被發現了！而且高寺的屍體是從講臺天花上被吊下來，帷幕上布滿了耐人尋味的數字暗號······在這謎團重重的案發現場，出現了壹個頗感興趣地自言自語道“這個案件大有內幕”的男人。原來他正是南波此行要拜見之人——上知天文下知地理的文科天才、別名“知識巨人”的宇野邊叡古（藤木直人）。

     南波所屬的搜查壹課立刻展開了搜查。卻不料在案發現場發現了睿古常用的煙鬥裏的煙草！看來兇手是打算嫁禍於叡古······到底兇手的動機是什麽，而又為什麽要把叡古卷入案件當中呢？！試圖解開案件隱情的睿古與助手阿蘇藤太（白洲迅）共同開始解讀暗號。另壹方面，搜查壹課把副校長戶村麻美（淺野百合子）及與被害者爭奪下任校長之位的幾個相關者視為嫌犯，但搜查依然難有進展。

     為了盡早解決案件，五十嵐任命叡古為調查顧問。被搜查壹課組長川添德治（宇梶剛士）吩咐盯著點的南波，處處跟叡古壹同行動。這期間，帝都大學內發生了第二起教授遇害的案件！而且案發現場再次留下了不明所以的暗號······